スーパーコンピュータSX-5 の概要
1.はじめに
サイバーメディアセンターでは、前身の大型計算機センターから引き継ぎ、4
年間にわたって運用を行ってきたスーパーコンピュータ・システムNEC社製SX-4/64M2を更新し、平成13
年1 月より新スーパーコンピュータ・システムNEC社製SX-5/128M8の運用を開始しました。ここでは、簡単に新スーパーコンピュータ・システムの概要を説明します。
なお、詳しい説明やシステムの情報については、Web でも提供していますので、ご参照ください
(http://sxusers.center.osaka-u.ac.jp/sxusers/)。
2.新システムの特徴
表1,2に主な能力を示します。本システムは、1.28TFLOPS(64bit 精度の浮動小数点演算を毎秒1.28兆回)の演算処理能力を持ち、導入時点においては国内最高性能のシステムであり、世界的にも十指に入ります(http://www.top500.org/)。
表1:新スーパーコンピュータ・システムの性能
SX5-5/128M8
表1:新スーパーコンピュータ・システムの性能
SX5-5/128M8 |
ピーク演算性能 |
1.3TFLOPS |
主記憶容量 |
1.0TB |
ファイルシステム装置 |
容量 |
18.8TB |
冗長化機能 |
RAID3 |
インターフェイス |
ファイパーチャネル176本(最大17.6GB/s) |
ネットワーク接続装置 |
インターフェイス |
Gigabit Ethernet16本(最大16Gbps) |
Auspex NS2000 |
ファイルシステム装置 |
容量 |
4.0TB(ミラーリング後2.0TB) |
冗長化機能 |
RAID5+RAID1(ミラーリング) |
バックアップ装置 |
容量 |
4.0TB |
また、導入された主なソフトウェア、アプリケーションは次の通りです。
- プログラミング言語:Fortran90,HPF,C,C++
- 数値演算ライブラリ:ASL/SX,MathKeisan(BLAS,LAPACK,ScaLAPACK,…..),IMSL,NAG,
CERNLIB
- ジョブ・キューイング・システム:NQS,LSF
- 統合開発環境:PSUITE,Cygnus Code Fusion
- 並列化支援ツール:Etnus TotalView
- 可視化支援ルール:AVS/Express Developer,RVSLIB,SpaceFinder
表2:新旧スーパーコンピュータの性能比較
|
|
新システム |
旧システム |
従来比 |
名称 |
SX-5/128M8 |
SX-4/64M2 |
|
ノード数 |
8 |
2 |
4倍 |
プロセッサ数 |
128 |
64 |
2倍 |
駆動周波数 |
312.5MHz |
125MHz |
2.5倍 |
ピーク演算性能 |
総合 |
1280GFLOPS |
128GFLOPS |
10倍 |
ノード |
160GFLOPS |
64GFLOPS |
2.5倍 |
プロセッサ |
10GFLOPS |
2GFLOPS |
5倍 |
主記憶容量 |
総合 |
1024GB |
16GB |
64倍 |
ノード |
128GB |
8GB |
16倍 |
プロセッサへのデータ供給能力 |
総合 |
5120GB/s |
1024GB/s |
5倍 |
ノード |
640GB/s |
512GB/s |
1.25倍 |
プロセッサ |
40GB/s |
16GB/s |
2.5倍 |
- 流体解析アプリケーション:STREAM
- 衝撃解析アプリケーション:LS-DYNA
- 構造解析アプリケーション:MSC_Nastran
- 分子化学アプリケーション:Gaussian98
新システムSX-5/128M8は、8 ノードからなる大規模システムであり(図1 参照)、旧システムSX-4/64M2の約4倍の設置面積を必要とします。従って、ノード#0
からノード#5 の6 ノードをサイバーメディアセンターへ設置し、これまでもスーパーコンピュータ・システムの共同運用を行ってきたレーザー核融合研究センターと核理研究センターへノード#6
とノード#7 を分散設置しました。
各ノードの性能は、共有メモリ型コンピュータとしては世界最高の浮動小数点演算性能160GFLOPSのピーク性能を有し、キャッシュなどの階層構成を取らない128GBの大容量メモリを一様にアクセスできます。本センターのユーザは、各自のプログラムが必要とする処理容量に応じ、ノードのリソースの1/4,1/2、または最大能力を参照可能なバッチ・キューを選択して利用できます。
また、HPF(High Performance Fortran)などでプログラミングを行うことにより、複数ノードを分散メモリ型システムとして利用することも可能であり、その場合、IXSという超高速ノード間接続装置を介して8GB/s
の超高速かつ低遅延ネットワークを介してメッセージ交換が行われます。現時点では、4
ノード分の640GFLOPS,512GBという大規模プログラムを実行可能なバッチ・キューを常時提供していますが、ユーザの要求に応じて、6
ノード分の960GFLOPS,768GBを利用可能なバッチ・キューの提供も検討しています。
さらに、定額利用制度の試行の延長として、ERS(Extended Resource Schedule)というフェアシェア型のリソース管理システムを導入しています。定額負担額と累積使用実績を加味した実行優先制御により、ユーザ側から見たリソース割り当ての公平性と、システム管理側から見たシステム利用効率の向上を狙っています。
3.ユーザサービス
新スーパーコンピュータ・システムに関する主なユーザサービスとして、次に示す1)ヘルプディスク、2)コンサルテーション、3)スーパーコンピュータ利用に関するソフトウェアの配布、を行っています。
- ヘルプディスク(http://helpdesk.center.osaka-u.ac.jp/)
ユーザはWebを用いてスーパーコンピュータ・システムに関する質問を行うことができます。質問に応じて担当者に質問内容が転送され、回答がなされます。質問と回答はデータベース化されていますので、過去の関連する情報を引き出すことや、FAQとしても利用することができます。
- コンサルテーション
Fortran77 からFortran90 への移行支援、ユーザプログラムの性能チューニング支援、可視化支援などのコンサルティングを行っています。
- スーパーコンピュータ利用に関連するソフトウェアの配布
Linux 用クロス開発環境の配布、アプリケーション操作用プリ/ポスト・アプリケーションの配布、可視化支援アプリケーションの配布を行っています。
また、システムの稼動状況や負荷状況などもWeb を通じて提供しています(http://sxusers.center.osakau.ac.jp/sxusers/)。

図2:SX-5 の利用状況
4.おわりに
新システムは、順調に稼動しており、新システムが旧システムに比べて10 倍もの処理能力を有するにも関わらず、導入以来4
週目にして8 割を越える利用率を記録し、3 月上旬を除き常に8 割から9 割程度の利用率を維持しています(図2
参照)。演算処理性能が研究成果に直結する研究領域において、いかに本システムの必要性が高かったかを示しており、導入後、早期に稼働率を高め安定して研究者にサービスを提供するという、本センターの責務を果たすことができ、ひとまず安堵しています。