平成12年度 「速報」の主な記事
本センターが平成12年度の発行しました｢大規模計算機システム速報」から、大規模計算機システム利用に関する記事を重要記事としてまとめました。ご利用に際して、ご参考にしていただければ幸いです。
| １．Exemplar のFortran90 コンパイラのバージョンアップについて |
(2000.5.29 No2) |
| ２．PSUITE のバージョンアップについて |
(2000.5.29 No2) |
| ３．POPメールサーバーの設定変更について |
(2000.5.29 No2) |
| ４．電磁界解析プログラムMaxwellのサービス開始について |
(2000.6.26 No3) |
| ５．Alta Clusterシステムの導入について |
(2000.6.26 No3) |
| ６．スーパーコンピュータ・システムの更新について |
(2000.8.29 No5) |
| ７．FORTRAN９０/SXの性能改善・機能強化について |
(2000.8.29 No5) |
| ８．MENTATのバージョンアップについて |
(2000.8.29 No5) |
| ９．FORTRAN９０/SXの性能改善・機能強化について |
(2000.9.25 No6) |
| 10．次期スーパーコンピュータSX-5のソフトウェアについて |
(2000.10.30 No7) |
１．Exemplar のFortran90 コンパイラのバージョンアップについて
6 月1 日よりExempalr 及びvisualize のFortran90 コンパイラをHP-UX 用の最新版V2.4
にバージョンアップいたします。V2.4 の主な新しい機能には以下のような項目があります。
- パフォーマンスの改善
特に、割り付け配列（allocatable arrays）におけるパフォーマンスが改善されており、
+fastallocatable, +noalign64bitpointers オプションが追加されています。
- OpenMP をサポートするために以下の９つの新しいディレクティブが追加
PARALLEL, PARALLEL DO, SECTIONS, DO, SECTION, SECTIONS ,
BARRIER, CRITICAL, ORDERED
詳細は、マニュアル”HP-UX Parallel Programming Guide (B3909-90003)”のAppendix
B を参照してください。
- デフォルトの最適化内容が変更
- デバッガーWDB/2.0 をサポート
- Fortran95 へ完全に準拠
なお、V2.4 について詳しくはHP のホームページ、
（http://docs.hp.com/hpux/development/）をご覧ください。
（システム運用管理掛）
２．PSUITE のバージョンアップについて
SX-4 のプログラムを作成する上での性能向上支援ツールであるPSUITE をVer
3.0から最新のVer 4.3 へバージョンアップいたしました。主な機能強化項目は以下の通りです。なお、詳しい機能強化情報は、http://www.leaf.comp.nec.co.jp/lang/psuite/を参照してください。
- 並列処理プログラムに対応
並列処理プログラムの性能情報の測定を行うことができます。
- バッチジョブ支援ツール
PSUITE からNQS に対してGUI を利用してジョブの投入や制御を行えます。
- 外部コマンドのメニュー登録
PSUITE ソースブラウザのTOOLS メニューに対して、利用者が指定する外部コマンドを登録できます。
- オンラインHELP の強化
PSUITE から起動するオンラインHELP の内容を、各コンポーネントのman データの内容に変更することにより、常にインストールされているコンポーネントのバージョンにあった情報を、参照できます。
（システム運用管理掛）
３．POP メールサーバー設定変更について
センターでは、「インターネット利用申請」を行っていただくとPOP、PPP、NNTP
等のサービスを受けることが出来ます。この中のPOP 利用に関して、設定変更を行いましたので、注意点をお知らせいたします。なお、この設定変更により利用者の方々に、大変ご迷惑をおかけしますが、ご了承ほどお願い申し上げます。
１．変更内容
阪大以外の機関から、本センターのPOP サーバーを利用したメール送信（中継）を不可とした。
２．変更理由
センターのPOP サーバーにセキュリティー上の問題があったため、4 月4 日にORBS
データベース(SPAM メール可能なサイトデータベース）に、本センターのPOP サーバーが掲載されてしまいました。このため、一部サイトからメール着信拒否を受ける事態となったため、緊急に設定変更を行う必要がありました。
３．影響範囲
上記の設定変更に伴う影響の範囲について、以下に示します。
- 阪大以外の機関から、本センターのPOP サーバーを利用したメール送信（中継）
→ 利用不可
- 阪大内から本センターのPOP サーバーを利用したメール送受信（中継）
→ 利用可能
阪大以外の機関の場合、ダイアルアップ接続により本センターに直接接続していただくことで，メールを送信できます。また，プロバイダーをご利用の方は，プロバイダー提供のメールサーバーを使って送信していただきますようお願いします。受信はPOP
サーバーより、これまで通り行えます．
（ネットワーク運用掛）
４．電磁界解析プログラムMaxwell のサービス開始について
Exemplar でサービスしております電磁界解析プログラムEMAS が開発会社の都合によりサポートが停止となりましたので、代替ソフトとしてアンソフト社のMaxwell
のサービスを開始いたしました。Maxwell は複数のソフトから構成されており、図１で網掛けになっているのがインストールされているソフトウェア名、その他はアンソフト社の製品カタログ等で紹介されている製品名です。Maxwell
は画像処理端末(visualize)から各ソフトの起動コマンドを入力するとMaxwell
Control Panel ウィンドウが開かれ、ウィンドウからデータの読み込み、各種ツールによるデータ作成、解析実行などが行えます。
［インストールされている製品］
- ★３次元高周波電磁界シミュレータ（ANSOFT HFSS）
★ 高速ディジタル信号回路解析ツール（Maxwell Spicelink）
★ エレクトロメカニカル設計用電磁場解析ツール
（Maxwell 2D ,3D Field Simulator）
［起動コマンド］
- %maxwell_hfss7 ―――― （Ansoft HFSS ）
%maxwell_si2d4 ―――― （Maxwell 2D Extractor）
%maxwell_si3d4 ―――― （Maxwell Q3D Extractor）
%maxwell_sc4 ――――― （Schematic Capture）
%maxwell_2dfs7 ―――― （Maxwell 2D Field Simulator）
%maxwell_3dfs5 ―――― （Maxwell 3D Field Simulator）
［マニュアルとサンプルデータ］
Exemplar 上の/apl/Ansoft ディレクトリに各ソフト別にマニュアルとサンプルデータがあります。マニュアルはdocumentation/pdf
と/postscript の下にPDF とPS 形式であります。サンプルデータは各ソフトのディレクトリのexamples
の下にあります。
（各ソフトのマニュアル、サンプルデータのディレクトリ）
- /apl/Ansoft/hfss7 ―――― HFSS
/apl/Ansoft/SI ――――― 2D,Q3D Extractor とSchematic Capture
/apl/Ansoft/EM ――――― 2D,3D Field Simulator
（例）/apl/Ansoft/hfss7/documentation/pdf ―――― HFSS のPDF 形式のマニュアル
/aplAnsoft/hfss7/examples/hfss7 ―――― HFSS のサンプルデータ
（システム運用管理掛）
５．AltaCluster システムの導入について
８台のシステム（プロセッサ）を、ギガビットLAN で接続し、並列処理が可能なモジュラ・クラスター形式の計算機AltaCluster
を２クラスタ導入しました。
それぞれのクラスタは、下記の構成をとり、当センターのアカウント・パスワードで利用が可能です。
各システムの詳細及びソフトウェア使用例などについては、ログオン時のお知らせを参照ください。
なお、７月末日までテスト運用のため、無料でご利用いただけます。
１） AA クラスタシステム
-
| ハードウェア： |
|
|
CPU：Alpha-Pro 750MHz |
｝× ８ノード（aa01 ～ aa08） |
|
Memory：１GB |
| OS：Linux |
|
主な用務：aa01 をフロントエンドとし、全８ノードでMPI を用いた並列計算
アドレス：aa01.center.osaka-u.ac.jp（133.1.4.21）
２） IA クラスタシステム
-
| ハードウェア： |
|
|
CPU：PentiumⅢ-Pro 700MHz |
｝× ８ノード（ia01 ～ ia08） |
|
Memory：256MB |
| OS：Linux |
|
主な用務：８ノード全てから、SX へのNQS ジョブ投入。Flexfax などソフトウェア
アドレス：ia[01-08].center.osaka-u.ac.jp（133.1.4.204～211）
（システム運用管理掛）
６．スーパーコンピュータ・システムの更新について
大阪大学サイバーメディアセンターでは、現行のスーパーコンピュータ・システムNEC SX-4/64M2を更新し、2001 年1 月から稼働を開始する次期スーパーコンピュータ・システムの調達手続を進めてきました。提案システムの技術審査の後、7 月28 日に開札し、日本電気株式会社が落札しました。
次期スーパーコンピュータ・システムのハードウェア、現システムとの性能比較、ソフトウェア等は下記のとおりです。
●ハードウェア
| SX-5/128M8 |
| ピーク演算性能 |
１．３TFLOPS |
| 主記憶容量 |
１．０TB |
| ファイル・システム装置 |
容量 |
１８．８TB |
| 冗長化機能 |
RAID３ |
| インターフェイス |
ファイバー・チャネル１７６本（最大１７．６ GB/s） |
| ネットワーク接続装置 |
インターフェイス |
Gigabit Ethernet １６本（最大１６Gbps） |
| Auspex NS2000 |
| ファイル・システム装置 |
容量 |
４TB（ミラーリング後２TB） |
| 冗長化機能 |
RAID5 ＋ RAID1（ミラーリング後２TB） |
| バックアップ装置 |
容量 |
４TB |
●現行システムとの性能比較
|
|
現行システム |
次期システム |
性能向上比 |
| 機種名称 |
NEC SX－４／６４M２ |
NEC SX－５／１２８M８ |
|
| ノード数 |
２ |
８ |
|
| プロセッサ数 |
６４ |
１２８ |
|
| 駆動周波数 |
１２５MHz |
３１２．５MHz |
２．５倍 |
| ピーク演算性能 |
総合 |
１２８GFLOPS |
１ ２ ８ ０GFLOPS |
１０倍 |
| ノード毎 |
６４GFLOPS |
１６０GFLOPS |
２．５倍 |
| 単体プロセッサ |
２GFLOPS |
１０GFLOPS |
５倍 |
| 主記憶容量 |
総合 |
１６GB |
１０２４GB |
６４倍 |
| ノード |
８GB |
１２８GB |
１６倍 |
プロセッサへの
データ供給能力 |
総合 |
１０２４GB/s |
５１２０GB/s |
５倍 |
| ノード毎 |
５１２GB/s |
６４０GB/s |
１．２５倍 |
| 単体プロセッサ |
１６GB/s |
４０GB/s |
２．５倍 |
●ソフトウェア・アプリケーション
| オペレーティング・システム |
UNIX System V 準拠（BSD 機能含む） |
| プログラミング言語 |
Fortran90, HPF, MPI, C, C++ |
| 数値計算ライブラリ |
ASL/SX, IMSL, NAG, CERNLIB, MATH ライブラリ |
| JOB キューイング・システム |
NQS, LSF |
| 統合開発環境 |
PSUITE, Cygnus Code Fusion |
| 並列化支援ツール |
Etnus TotalView |
| 可視化支援ツール |
AVS/Express Developer, RVSLIB, SpaceFinder |
| 流体解析アプリケーション |
STREAM（Pre-M/Atrac:Windows 版） |
| 衝撃解析アプリケーション |
LS-DYNA（JVISION:Windows 版） |
| 構造解析アプリケーション |
MSC/Nastran（MSC.Patran:Windows 版） |
| 分子科学アプリケーション |
Gaussian98（MolStudio:Windows 版） |
更新に伴い、現在センターでは次期システムの運用方法や負担金などについて検討しております。
これらの具体的な内容につきましては、今後速報などで適時お知らせいたします。
（研究部門、利用者サービス掛）
７．FORTRAN90/SX の性能改善・機能強化について
SX-4 のFORTRAN90/SX コンパイラのバグ修正を含むコンパイラのリビジョンアップを7
月17日（月）に行いましたので、性能改善及び機能強化についてお知らせいたします。なお、バグ修正については当センターのホームページ(http://www.center.osaka-u.ac.jp/user-service/F90.html)を参照してください。
- 内部手続きを含むプログラムが、自動並列化/ 強制並列化によって並列化ができるようになりました。
- コンパイル時のメモリ使用量の削減、およびコンパイル性能の改善を行いました。
- 翻訳時の診断メッセージを改良しました。
- 構造型の関数のインライン展開ができるようになりました。
- 実引数が非10 進定数である場合、警告メッセージを出力するようにしました。
- IF 文のスカラ論理式中に論理段階式を含む場合のベクトルオブジェクトコードを改善しました。
- 例
INTEGER X(300),M,I
DO I=1,300
IF(X(I) .GE. 0 .OR. X(I) .LE. 100) THEN
M = M + 1
ENDIF
ENDDO
END
- サイズが8 の倍数の構造型の配列代入文がベクトル化できるようになりました。
- 最適化指示オプションNOMOVE/MOVE/NOMOVEDIV を追加しました。
- 仕様は以下の通りです。
・仕様
NOMOVE / MOVE / NOMOVEDIV 直後のDO ループ内の条件下にある不変式をループ外へ移動しない(NOMOVE)かループ外へ移動する(MOVE)か、あるいは除算以外の不変式をループ外へ移動する(NOMOVEDIV)かを指定する。既定値は詳細オプション-O
nomove/move/nomovediv の指定に従う。
- PARDO などのマイクロタスク並列化指示行を含む手続きを最適化できるようになりました。
（システム運用管理掛）
８．MENTAT のバージョンアップについて
indigo01 でサービスしております有限要素法のためのプリ／ポストプロセッサMENTAT
をバージョン3.3 からMENTAT2000 にバージョンアップいたしました。
【起動方法】
% /usr/bin/mentat
（注）旧バージョンを使用する場合は以下のコマンドを利用してください。
%/usr/bin/mentat310 ―――― 3.1 を起動する。
%/usr/bin/mentat330 ―――― 3.3 を起動する。
【備考】
MARCK7.3.2 でMENTAT2000 を使用するには以下の方法で入力データを一度生成する必要があります。
MENTAT2000 はMSC.MARC2000 用に開発されたPre/Post プロセッサーであり、MENTAT2000で作成した情報全てを、MARCK7.3.2
の入力データ形式で書き出すことは出来ません。
但し、MARCK7.3.2 で対応している入力データカードに関しては、次の操作でMARCK7.3.2
形式の入力データを書き出す指定に変更出来ます。
（例）JOBS>MECHANICAL>JOB PARAMETERS と操作し、(MARC VERSION)をFDEFAULT
からMARC K7 に変更。
以後、K7.x フォーマットでMARC 入力データが生成されます。
尚、MENTAT2000 で作成したモデルファイルは、以下の操作でMENTAT3.3 形式で保存することも可能です。
FILES>DEFAULT STYLE を、3.3 STYLE に変更
（システム運用管理掛）
９．FORTRAN90/SX の性能改善・機能強化について
SX-4 のFORTRAN90/SX コンパイラのバグ修正を含むコンパイラのリビジョンアップを
9 月4 日（月）に行いましたので、性能改善及び機能強化についてお知らせいたします。
なお、バグ修正については当センターのホームページ(http://www.center.osaka-u.ac.jp.
/user-service/F90.html)を参照してください。
(1) 以下のf90 コマンド詳細オプションが追加されました。
- -pvctl outerunroll/noouterunroll
外側ループのアンローリングを許可/禁止する。
既定値は、outerunroll(-Chopt,-Cvopt 指定時)、noouterunroll(-Cvsafe,-Cssafe,-Csopt
指定時)である。
- -pvctl nomatmul/matmul/matmulblas
行列積のライブラリルーチンへの変換を指定する。
matmul は行列積をライブラリルーチンに変換する。
matmulblas は行列積をBLAS ライブラリルーチンに変換する。
nomatmul は行列積をライブラリルーチンに変換しない。
既定値は、matmul(-Chopt,-Cvopt 指定時)、nomatmul(-Cssafe,-Csopt,-Cvsafe
指定時)である。
- -pvctl collapse/nocollapse
多重ループを一重化する/しない。
既定値は、collapse(-Chopt,-Cvopt 指定時)、nocollapse(-Cssafe,-Csopt,-Cvsafe 指定時)である。
- -pvctl split/nosplit
外部手続きの引用の前後で強制的にループを分割する/しない。
既定値は、nosplit である。
- -pvctl lstval/nolstval
変数の終値保証を行う/行わない。
プログラムによっては-pvctl nolstval を指定すると実行結果不正となるので注意が必要で
ある。
既定値は、lstval である。
- -pvctl outerstrip/noouterstrip
外側ループが並列化可能な多重ループに於いて、外側ループストリップマインニングを行っ
て得られる外側ループを並列化する/そのまま外側ループを並列化する。
既定値は、outerstrip(-Chopt 指定時)、noouterstrip(-Cvopt, -Cssafe,-Csopt,-Cvsafe
指定時)である。
(2) コンパイラ指示オプションEXPAND にEXPAND=n と指定できるようになりました。
- !CDIR EXPAND[=n] / !CDIR NOEXPAND
DO ループ長≦ n ならばループを展開する/ DO ループを展開しない。
既定値は、詳細オプション-pvctl expand=m/noexpand の指定によって次のようになる。
-
|
NOEXPAND |
EXPAND=n |
EXPAND |
指示行の指定無し |
| -pvctl noexpand |
NOEXPAND |
EXPAND=n |
EXPAND=4 |
NOEXPAND |
| -pvctl expand=m |
NOEXPAND |
EXPAND=n |
EXPAND=m |
EXPAND=m |
（システム運用管理掛）
１０．次期スーパーコンピュータSX-5 のソフトウエアについて
SX-5 ではFORTRAN コンパイラがFORTRAN90/SX になり、FORTRA77/SX は利用で
きなくなります。またアプリケーションでもSX-5 ではサービスを停止するものがいくつか
あります。
（１） FORTRAN77/SX コンパイラがなくなります SX-4 のFORTRAN コンパイラはFORTRAN77/SX とFORTRAN90/SX の2 種類あり
ますが、SX-5 ではFORTRAN90/SX のみとなります。FORTRAN90 はFORTRAN77 の
上位コンパイラですが、最適化やオブジェクト生成処理の相違により、プログラムの実行
結果にも微妙な影響を及ぼすことが考えられます。現在FORTRAN77/SX コンパイラをお
使いの方は、できる限り早くFORTRAN90/SX への移行をお願いします。
（２）数値データの浮動小数点形式はIEEE(float0)のみのサポートとなります
SX-4 ではIEEE(float0)、IBM 形式(float1)、CRAY 形式(float2)の3 種類の浮動小数点
形式をサポートしていましたが、SX-5 ではIEEE(float0)浮動小数点形式のみのサポート
となります。SX-4 上で作成したIBM 形式、CRAY 形式の実行ファイル及びオブジェクト
ファイルはSX-5 では使用できませんので注意してください。なお、浮動小数点形式のデ
ータ変換についてはセンターホームページのオンラインマニュアル“スーパーコンピュー
タSX4 の概要“ の3.4 ワークステーションとのデータ交換例、
（http://www.center.osaka-u.ac.jp/j/manual/sx4/sx4-9.html）を参照してください。
（３）廃止されるアプリケーション
構造解析：FEMLAB、MARC
流体解析：α-FLOW、PHOENICS
電磁波解析：EGS4、PLANC、SPICE
分子科学：AMBER、AMOSS、GAUSSIAN94、GAMESS、MOPAC
画像処理：SX-view
図形描画：EASYDRAW
プリポスト：CERIUS2、ICEM CFD、MENTAT2000
なお、SX-5 の情報についてはセンターのホームページ、
（ http://www.center.osaka-u.ac.jp/j/ ）を参照してください。
（システム運用管理掛）